Kaip ir visų lytiškai plintančių ligų nešiotojai 40 – 60 proc. asmenų nežino, kad yra užsikrėtę. Chlamidijos trachomatis gali sukelti ūmius ir lėtinius šlapimo bei lyties takų uždegiminius procesus. Vyrams jos sukelia uretritą, periorcho epididimitą, prostatitą ir cistitą. Tai dažniausiai pasireiškia išskyromis iš šlaplės, dirginimo jutimu šlapimkanalyje, maudimu ir skausmingumu sėklidėse ir tarpvietėje. Lėtiniai uždegiminiai procesai gali turėti reikšmės libido, potencijai bei vaisingumui ir lemia sergančiojo psichologines ir socialines problemas. Moterims chlamidijos trachomatis sukelia uretritą, endocervicitą, salpingitą, salpingooforitą. Tai gali būti moterų pilvo uždegiminės ligos ar negimdyminio nėštumo priežastis. Tokias moteris dažnai vargina pilvo apatinės dalies pasikartojantis skausmingumas. Lėtiniai uždegiminiai procesai neretai būna ir moters nevaisingumo priežastis.